Un Secrétariat international des Villes amies des enfants a été créé en 2000 au Centre de recherche Innocenti de l'UNICEF à Florence, en Italie. En cohérence avec le mandat du Centre de recherche de l'UNICEF à Florence de promouvoir la compréhension des droits de l'enfant, le Secrétariat collecte, documente, distille et dissémine l'expérience des stratégies locales afin de mettre en application la Convention internationale relatives aux droits de l'enfant et de poursuivre les Objectifs de Développement des Nations Unies pour le Millénaire
Le mouvement des Villes amies des enfants a évolué en un réseau de parties engagées et intéressées, dans le cadre d'une approche flexible et organique qui s'est enrichie de multiples expériences et a permis l'intégration de composantes variées. Toutefois cette structure entrave la concentration des capacités techniques et scientifiques nécessaires pour élaborer et uniformiser les méthodes et les techniques qui s'avèrent valables sur le terrain. Elle rend également difficile le suivi de l'impact d'interventions individuelles sur la vie des enfants et des communautés. Le Secrétariat VAE a été établi pour renforcer le réseau en fournissant aux divers partenaires informations et instruments, en promouvant la recherche et la mise en commun d'innovations municipales en faveur des enfants, en appuyant les programmes et les initiatives politiques, et en diffusant de façon systématique les leçons tirées de l'expérience sur le terrain.
Le Secrétariat a ses locaux au Centre de recherche Innocenti de l'UNICEF (CRI), à Florence, au Spedale degli Innocenti, un édifice historique ouvert en 1445 pour être le premier hospice d'enfants trouvés en Europe. Le CRI est la principale division de recherche de l'UNICEF, et contribue à façonner le programme de l'organisation en matière de droits humains des enfants. Depuis sa création en 1998, le CRI a fourni des données fiables sur les besoins changeants des enfants à la fois dans les pays à revenu élevé et à revenu faible. Principalement orienté sur les droits des enfants, il aide l'UNICEF et ses partenaires à promouvoir une nouvelle éthique mondiale pour les enfants, basée sur leurs droits humains fondamentaux.
Depuis sa création le Secrétariat s'est nourri des connaissances et de l'expérience des agents, des chercheurs et des administrateurs. D'éminents spécialistes et militants, des municipalités, des administrations centrales et locales, des administrateurs principaux et des experts conseillent le Secrétariat en matière d'activités scientifiques et de recherche du programme et contribuent à définir les pratiques exemplaires, les innovations et les leçons à inclure dans la base de données VAE. Les conseillers scientifiques se concentrent sur les activités du Secrétariat liées à la recherche, à la base de données, au recueil d'informations et de données.